Selain Sevilla dan Liverpool yang memastikan diri lolos ke semifinal Liga Eropa 2016; Villarreal dan Shakhtar Donetsk menjadi 2 tim lain yang memastikan diri lolos ke babak semifinal. Spanyol menyisakan 2 wakil mereka di babak semifinal sedangkan Inggris dan Ukraina masing – masing memiliki 1 tim wakil di babak 4 besar Liga Eropa. Villarreal memang lebih diunggulkan dari Sparta Prague yang disebut – sebut sebagai tim kejutan berkat keberhasilan mereka lolos ke babak perempatfinal. Villarreal memenangkan leg pertama dengan skor tipis 2 – 1 dan memastikan lolos ke semifinal setelah kembali menang dengan skor 4 – 2 di leg kedua. Berkat hasil tersebut maka Villarreal melenggang ke semifinal dengan agregat 6 – 3 atas Sparta Prague.
Villarreal memenangkan leg pertama di Spanyol dan cukup tertekan ketika menjalani leg kedua di Republik Ceko. Namun para pemain Villarreal justru terlihat bermain lepas ketika telah berada di lapangan. Mereka dengan penuh percaya diri mencetak 4 gol terlebih dahulu sebelum Sparta Prague memperkecil defisit gol dengan 2 gol balasan. Cedric Bakambu menjadi pemain pertama yang mencetak gol di leg kedua; gol tersebut merupakan gol ketiganya dan sekaligus membawa Villarreal menuju ke semifinal liga Eropa 2016. setelah ia mencetak 2 gol Villarreal di leg pertama. Samuel Castillejo dan Bruni Soriano menambah masing – masing 2 gol dalam selisih waktu 3 menit di babak pertama.
Villarreal masih terus menekan di babak kedua dan Cedric Bakambu kembali mencetak gol di menit 49. Meski tertinggal 4 – 0 di kandang sendiri; Sparta Prague sepertinya tidak ingin kehilangan muka sebagai tim tuan rumah dengan terus melancarkan serangan. Usaha tersebut membuahkan hasil setelah Borek Dockal mencetak gol pertama di menit 65. Dukungan penonton di Generali Arena semakin meningkat dan gol yang dicetak Ladislav Krejci di menit 71 sempat membuka peluang bagi Sparta Prague untuk setidaknya menyamakan agregat untuk memaksakan perpanjangan waktu. Namun upaya tersebut gagal setelah skor tidak berubah saat babak kedua berakhir. Villarreal lolos ke babak semifinal Liga Eropa untuk keempat kalinya dan berpeluang mencapai final untuk pertama kalinya.